无棣县境内有漳卫新河、马颊河、德惠新河、徒骇河、秦口河五条骨干河道，有泊埕河、山子河、王山支沟、郝家沟、仝家河、朱龙河、小米河、青波河、白杨支沟、白杨河10条支流河道。自西北向东南依次分属于漳卫新河水系、马颊德惠水系，徒骇河水系。三个水系统属于海河流域水系。干流河道建有拦河大闸4座，支流河道小型节制闸15座。由于地处诸河最下游，特殊的地理气候条件决定了无棣县旱涝交替、水旱灾害频繁而严重、生态系统脆弱的基本县情，特别是防洪排涝任务相当繁重。

漳卫新河

全长366千米，西起四女寺分洪闸，流经山东省平原县北部，陵县西北，再向下沿山东、河北两省的分界线迤逦而下，右岸流经山东省宁津、乐陵、庆云、无棣四县北境，自庆云县崔口镇大齐周务入县境，流经小泊头、埕口两乡镇，至大口河入渤海，境内流长47.7千米，流域面积121平方千米。

马颊河

是鲁北平原大型行洪排涝河道，全长438千米，流域面积11579.3平方千米。发源于河南省濮阳县，流经河南、河北、山东，经庆云流入无棣境内，流经车王、小泊头、碣石山、埕口四镇，经汪子堡入渤海，境内流长57.6千米，流域面积160平方千米。

德惠新河

全长222千米，流域面积3249平方千米，位于徒骇河与马颊河之间，是1968年人工开挖的一条行洪排涝河道，源于德州市平原县王凤楼村，经庆云流入无棣境内，经海丰街道办事处、信阳镇、车王镇、碣石山镇、埕口镇，在黄瓜岭村东5千米处汇入马颊河，境内流长58千米，流域面积70平方千米。

秦口河

全长107.3千米，是钩盘河下游河段，南起沾化区下洼镇赵山村，北至郝家沟与套儿河交汇处，自沾化区流入无棣境内，流经佘家、西小王两镇，至烟袋沟汇入徒骇河。1991年，秦口河改道，由郝家沟河口汇入套儿河，境内流长25千米。

徒骇河

禹疏九河之一，是鲁北平原上最大的行洪排涝河道，全长436千米，流域面积13902平方千米，源于聊城市莘县文明寨村，东北流经河南省南乐、又经德州、济南、滨州，沾化、无棣，北海新区，由滨州港注入渤海。徒骇河自沾化区入无棣县境，上起烟袋沟，下至万吨级滨州港，全长30千米，此段河道是徒骇河的尾闾段，又称套儿河，是无棣县、沾化区界河。

泊埕河

1968年开挖，起于漳卫新河泊头引水闸，流经小泊头、埕口两镇至埕口镇孟庄子挡潮蓄水闸后又汇入漳卫新河。全长27.3千米，流域面积132平方千米。

山子河

前身是簸箕李引黄灌区第十一分干渠。1966年冬开挖，西起坡宋张家村东幸福河，沿原来的“十一分干”，到帝赐街西，改道向东北接盘龙沟，到蔡庄子西接高井村排水沟，到马山子村东北流入潮河，由潮河流入套儿河。山子河是一条排涝河道，全长22.7千米，流域面积110平方千米，底宽10米至30米，最大过水流量30秒立方米。

王山支沟

1955年春季开挖的一条排涝河道，上起德惠新河右岸的卢家村南，在坡宋村南过幸福河，流经碣石山镇、柳堡镇，在马山子镇的南O村东入郝家沟。该沟因穿过王山洼而得名。全长21.7千米，流域面积42.5平方千米。

郝家沟

原名赫家沟，清代开挖。西起德惠新河白鹤观涵闸，经车王镇、柳堡镇、马山子镇，至傅家台子村东南汇入套儿河，全长40.5千米，流域面积332.8平方千米。

仝家河

1970年开挖。因源于水湾镇西仝村而得名。西起仝家村西幸福河，流经水湾、西小王、柳堡三镇至过河道子以北汇入秦口河，排灌两用，全长38.7千米，流域面积121.4平方千米。2011年，将仝家河下游治理列入全省重点中小河流治理计划，竣工后行洪排涝效果明显，最大限度的保障了人民群众的生产、生活安全。

朱龙河

原名覆釜河，属古代黄河故道，禹疏“九河”之一。宋代覆釜河下游被黄河东流夺占后，覆釜河上游河道淤废。近代覆釜河下游改成今名。朱龙河西起信阳镇大庄村德惠新河引水闸，流经信阳、水湾、西小王三镇，在石桥村村北汇入秦口河。全长43.8千米，流域面积152.5平方千米。是无棣县的一条行洪排涝兼蓄水灌溉的多功能河道，多次分段进行治理。2018年冬季，无棣县将朱龙河西小王镇小开河至小王闸段18.6千米河段综合治理工程列入市级林水会战观摩点，重点打造，累计完成投资3000余万元，完成土方100余万立方米，绿化面积14.21万平方米。

小米河

位于无棣县南部，居朱龙河与青波河之间，古称萧米河，西起海丰街道河东高家村南德惠新河右岸，流经海丰街道、信阳、水湾、佘家、西小王镇，至白家坨东北汇入秦口河。全长44.4千米，流域面积157.2平方千米。是一条重要的排涝河道，同时也是一条引黄干道。

青波河

原名青坡沟，1949年开挖，全长56.4千米，是无棣县南部一条较大排涝行洪河道，也是徒骇河流域秦口河较大支流之一。西起阳信县温店镇，流经大小营、流坡坞，从曹庙村西入无棣县境，一直向东北方向流去，经路杨、曾家庄、武家庄，观音堂南至牛王庄村东入秦口河。境内流长40.3千米，流域面积157.2平方千米。2007年9月青坡沟更名为“青波河”。

白杨支沟

原名白杨河。1968年开挖。1982年8月，为了与在该河以南的白杨河区分，更名为“白杨支沟”。西起幸福河，东经后牛村北、白杨村南、邓王村北，在东官庄南汇入秦口河。全长27.8千米，流域面积52.75平方千米。1998年，小开河建成，白杨支沟分为两段，小开河以西河段排水由王白杨村东入青波河。小开河以东河段不变。

白杨河

原名“大寨河”，开挖于1965年。20世纪70年代末改为白杨河。是无棣、阳信、沾化共用的一条排涝河道。西起阳信县大寨村，流经无棣县棣丰街道入沾化区古城镇，再入无棣县佘家镇，至栾尔庄村东沾化区河北王村汇入秦口河。全长54.7千米，流域面积413.6平方千米。无棣境内长13千米。